Effects of transgenic hybrid aspen overexpressing polyphenol oxidase on rhizosphere diversity.
Identifieur interne : 003936 ( Main/Exploration ); précédent : 003935; suivant : 003937Effects of transgenic hybrid aspen overexpressing polyphenol oxidase on rhizosphere diversity.
Auteurs : Kathryn L. Oliver [Canada] ; Richard C. Hamelin ; William E. HintzSource :
- Applied and environmental microbiology [ 1098-5336 ] ; 2008.
Descripteurs français
- KwdFr :
- ADN bactérien (génétique), ADN fongique (génétique), ARN ribosomique 16S (génétique), ARN ribosomique 18S (génétique), Analyse de séquence d'ADN (MeSH), Arbres (enzymologie), Arbres (génétique), Banque de gènes (MeSH), Biodiversité (MeSH), Catechol oxidase (génétique), Chaperonine-60 (génétique), Données de séquences moléculaires (MeSH), Gènes bactériens (MeSH), Gènes fongiques (MeSH), Microbiologie du sol (MeSH), Phylogenèse (MeSH), Populus (enzymologie), Populus (génétique), Racines de plante (microbiologie), Séquence nucléotidique (MeSH), Végétaux génétiquement modifiés (MeSH).
- MESH :
- enzymologie : Arbres, Populus.
- génétique : ADN bactérien, ADN fongique, ARN ribosomique 16S, ARN ribosomique 18S, Arbres, Catechol oxidase, Chaperonine-60, Populus.
- microbiologie : Racines de plante.
- Analyse de séquence d'ADN, Banque de gènes, Biodiversité, Données de séquences moléculaires, Gènes bactériens, Gènes fongiques, Microbiologie du sol, Phylogenèse, Séquence nucléotidique, Végétaux génétiquement modifiés.
English descriptors
- KwdEn :
- Base Sequence (MeSH), Biodiversity (MeSH), Catechol Oxidase (genetics), Chaperonin 60 (genetics), DNA, Bacterial (genetics), DNA, Fungal (genetics), Gene Library (MeSH), Genes, Bacterial (MeSH), Genes, Fungal (MeSH), Molecular Sequence Data (MeSH), Phylogeny (MeSH), Plant Roots (microbiology), Plants, Genetically Modified (MeSH), Populus (enzymology), Populus (genetics), RNA, Ribosomal, 16S (genetics), RNA, Ribosomal, 18S (genetics), Sequence Analysis, DNA (MeSH), Soil Microbiology (MeSH), Trees (enzymology), Trees (genetics).
- MESH :
- chemical , genetics : Catechol Oxidase, Chaperonin 60, DNA, Bacterial, DNA, Fungal, RNA, Ribosomal, 16S, RNA, Ribosomal, 18S.
- enzymology : Populus, Trees.
- genetics : Populus, Trees.
- microbiology : Plant Roots.
- Base Sequence, Biodiversity, Gene Library, Genes, Bacterial, Genes, Fungal, Molecular Sequence Data, Phylogeny, Plants, Genetically Modified, Sequence Analysis, DNA, Soil Microbiology.
Abstract
This study assessed the potential effects of transgenic aspen overexpressing a polyphenol oxidase gene on diversity in rhizosphere communities. Cultivation-independent methods were used to better delineate bacterial and fungal populations associated with transgenic and nontransgenic trees. Gene libraries for the bacterial component of the rhizosphere were established using 16S rRNA and chaperonin-60 (CPN-60) gene sequences, while the fungal community was characterized using 18S rRNA gene sequences. The 16S rRNA gene libraries were dominated by alphaproteobacterial sequences, while the CPN-60 gene libraries were dominated by members of the Bacteroidetes/Chlorobi group. In both the CPN-60 and 16S rRNA libraries, there were differences in only minor components of the bacterial community between transgenic and unmodified trees, and no significant differences in species diversity were observed. Compared to the bacterial gene libraries, greater coverage of the underlying population was achieved with the fungal 18S rRNA libraries. Members of the Zygomycota, Chytridiomycota, Ascomycota, and Basidiomycota were recovered from both libraries. The dominant groups of fungi associated with each tree type were very similar, although there were some qualitative differences in the recovery of less-abundant fungi, likely as a result of the underlying heterogeneity of the fungal population. The methods employed revealed only minor differences between the bacterial and fungal communities associated with transgenic and unmodified trees.
DOI: 10.1128/AEM.02836-07
PubMed: 18552195
PubMed Central: PMC2546652
Affiliations:
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Cultivation-independent methods were used to better delineate bacterial and fungal populations associated with transgenic and nontransgenic trees. Gene libraries for the bacterial component of the rhizosphere were established using 16S rRNA and chaperonin-60 (CPN-60) gene sequences, while the fungal community was characterized using 18S rRNA gene sequences. The 16S rRNA gene libraries were dominated by alphaproteobacterial sequences, while the CPN-60 gene libraries were dominated by members of the Bacteroidetes/Chlorobi group. In both the CPN-60 and 16S rRNA libraries, there were differences in only minor components of the bacterial community between transgenic and unmodified trees, and no significant differences in species diversity were observed. Compared to the bacterial gene libraries, greater coverage of the underlying population was achieved with the fungal 18S rRNA libraries. 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Cultivation-independent methods were used to better delineate bacterial and fungal populations associated with transgenic and nontransgenic trees. Gene libraries for the bacterial component of the rhizosphere were established using 16S rRNA and chaperonin-60 (CPN-60) gene sequences, while the fungal community was characterized using 18S rRNA gene sequences. The 16S rRNA gene libraries were dominated by alphaproteobacterial sequences, while the CPN-60 gene libraries were dominated by members of the Bacteroidetes/Chlorobi group. In both the CPN-60 and 16S rRNA libraries, there were differences in only minor components of the bacterial community between transgenic and unmodified trees, and no significant differences in species diversity were observed. Compared to the bacterial gene libraries, greater coverage of the underlying population was achieved with the fungal 18S rRNA libraries. 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